桩埋管系统在设计上与其他埋管形式的地源热泵并没有太大区别，但有需要特别注意之处。首先，一旦桩的尺寸和长度确定，则用于埋管的桩的数量也已确定，也就是说，不能以冷热负荷的增加而增加桩的数量。当桩埋管所提供的冷热负荷不能满足所需要求时，应优先考虑其他形式的埋管，或增加冷却塔和锅炉等其他辅助措施。在系统设计时，也要考虑到地源热泵地下换热器的热平衡问题。针对冷热负荷差距较大的情况，可选取较小的负荷值作为确定埋管长度的依据，对于相对较大的负荷，则可以选择辅助措施加以解决。

和其他形式的热泵系统一样。土壤的地热特性同样重要。需要测得土壤的组成成分，土壤温度，热导率，热容量，水质特性和水流方向及速度，这些参数对于整个系统的优化有着重要的意义。由于桩与桩之间有一定的距离，桩基间的影响可以忽略。对于冬季和夏季工况下，单桩的换热量即机组在一个制热。冷季运行小时数和一个制热（冷）的小时数比；

地源热泵换热管应当尽量采用同程式连接，以保证管段的水利平衡，而且一旦某个桩段的管段出现问题，不致影响整个系统的正常运行。不仅挡土桩和承重桩能够埋管，承台上连接各个桩换热器的水平管路也有很好的换热效果，水平管路的布置要尽量清晰。